Pirmasis universitetas Pécs atsirado 1367 kaip viena iš Vidurio Europoje karaliaus Louis Didžiojo seniausia, ji nuėjo prie Turkijos okupacijos metu. 1921 buvusioje Vengrijos universiteto Bratislavoje (tai Bratislavos, Vengrijos. Pozsony) persikėlė į Pécs Janus Pannonius yra rezultatom1982 universitetas (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Pirmasis universitetas buvo įkurtas Pécs Louis I Vengrijoje 1367. Atsižvelgdama egzistavo kaip vieningą švietimo centras kelis dešimtmečius, viduryje 15 amžiaus jis buvo padalintas į dvi mokyklas - teisės ir teologijos. Turkijos okupacijos universitete metu buvo uždaryta ir atidaryta tik 1785, kai Juozapas II pagrindė Royal Academy Győr, Pécs. 1802, Royal Academy atėjo Gioras apie Francis I užsakymus, ir aukštojo mokslo institucijos Pec buvo ne iki 1833, kai Pécs vyskupas pagal miesto senato globoja įkurta Pec akademijos su teisės ir filosofijos fakultetuose.

  Modernus universitetas Pécs buvo įkurta 1912 metais ir iš pradžių įsikūręs Pozsony (dabar Bratislava). Po Antrojo pasaulinio karo Pozsony buvo aneksirovan iš Vengrijos, ir 1921 m persikėlė į Pecs universiteto, kur ji tebėra iki šios dienos. 1951, Medicinos fakultetas Universiteto buvo atskirtas, ir iki 2000 m atskira institucija. 1982, universitetas buvo pavadintas po Janus Pannonius. Šis Pécs universitetas buvo įsteigtas 2000 m sausio 1 per Janus Pannonius universiteto medicinos universiteto ir mokytojų koledžo susijungimo.