Maskvos istorijos muziejus buvo įkurtas 1896 metais ir buvo vadinamas Maskvos miesto ekonomikos muziejus. Muziejaus iniciatorius buvo Miestas Dūma. Kolekcijos pagrindą sudaro eksponatai Maskvoje paviljone Rusijos meno ir pramonės mugėje Nizhny Novgorod, kuris buvo surengtas 1896 m. Pagal muziejaus ekspozicija buvo suteiktas vienas iš Krestovsky vandens bokštai.

Nuo 1920, muziejus pradėjo vadinti "Maskva savivaldybių muziejus", o 1921 metais buvo perkelta į džiūvėsių bokštas. Per trisdešimt, pagrindinė tema muziejaus buvo 1935-1947 Master planą rekonstrukcijos Maskvos. 1935 bokštas buvo nugriautas ir muziejus persikėlė į Jono Teologo Bažnyčios pagal Naujajame aikštėje guobos.

1947, pirmas kartas muziejus pastatytas laikantis įvykių chronologija. Kaip, pavyzdžiui, ekspozicijos truko iki 1970 m. Savo dabartinį pavadinimą "muziejus Maskvoje City" yra nuo 1986 muziejus. Nuo 2006 m muziejus užima garsaus architektūros kompleksas nuostata "sandėlius" Dėl Zubovsky bulvare. 2008 metais muziejus gavo naują statusą - Europos Sąjungoje.

Muziejų asociacija "Maskvos miesto muziejus" - muziejų kompleksas. Ji apima: Maskvos archeologijos muziejus, muziejus "Anglų sodyba", Rusijos harmonikos A. Mirek, muziejus turto Golitsyn muziejus "Vlakhernskoe - Kuzminkach", istorijos muziejus "Lefortovo", muziejus Kristaus Išganytojo katedra ir muziejus Gilyarovskogo.

Muziejus lėšos sudaro maždaug vienas milijonas vienetų. Muziejuje - turtingiausios archeologijos kolekcijų, didelė kolekcija smulkių medžiagų, įskaitant paveikslų skaičių pagal Vasnetsov "Old Maskva", paveikslų Makovský, Aivazovskio, Įstojimas, Polenova Pasternakas, Falk ir Nesterovo. Dėl nedidelio kiekio parodos ploto ir daugybė muziejų eksponatai nuolat organizuoja keičiasi parodas savo turtinga fondą.

Muziejus turi didžiulį mokslinį tiriamąjį darbą, archeologiniai kasinėjimai, gamina mokslinių straipsnių apie archeologinių vietų ir aplink Maskvą.