Cerkvė Šv Nikolajus buvo įkurta Lionas atstovų rusų bendruomenės, kuris emigravo į Prancūziją po 1917 revoliucijos.

Pirmoji bažnyčia, įkurta 1928 metais, įsikūręs mediniame pastate gatvėje būgną. Jis buvo pavadintas žymaus šventojo, o taip pat kaip ir kulka atmintyje kartu su imperatoriaus Nikolajaus II šeimai. Pirmasis rektorius buvo Victor (Puškino), buvęs pulko kunigo tėvas.

1937, šventykla yra greičiausiai dėl padegimų, sudegė visiškai. Jo atkūrimas prasidėjo vos dvejų metų vėliau - už akmeninis pastatas pasirinktą naują vietą rue Saint-Genevieve statybos. Šventykla sukūrė projektą emigrantas Sergejus Bazdereva. Statybos bažnyčios atliko rektoriaus ir parapijiečiai susirinko dovanas, darbas buvo atliekamas vakarais ir savaitgaliais, todėl statybos vyko labai lėtai. Net per Antrąjį pasaulinį karą, nepaisant bombardavimo ir lėšų stokos, darbas tęsiasi. Ir šventyklos vidus ir toliau, net po karo. Šventinimas bažnyčioje vyko 1946 metų gegužę.

1970, bažnyčioje po buvo suremontuotas iš lubų sutraukti. Link praėjusio amžiaus pabaigoje, aplink bažnyčią iki rajonų, ir kai kitą kartą jam buvo atidaryta metro stoties, padidėjo maldininkų skaičius. Vienas iš bažnyčios, skirta Šv Ireniejaus piktogramos - vyskupas Liono buvo nukankintas už savo tikėjimą į 202 metų.

Šv Mikalojaus Lionas turtinga apdaila yra skirtingas ir originalios architektūros, bet jis vadinamas pirmosios emigracijos banga ir į stačiatikių tikėjimą meilės simbolis paminklas.

Lione, yra ir kitų Rusijos stačiatikių bažnyčios - pavyzdžiui, Šv Jono bažnyčia Rusijos.