Kitas Cordoba atrakcija - San Franciskas Bažnyčios, kuri yra viena iš vadinamųjų "ferdinandovskih" bažnyčiose, savo pavadinimą gavo nuo to, kad jie buvo tarp pirmųjų krikščionių bažnyčia pastatyta Cordoba po reconquest nuo maurų karalius Ferdinandas III. Kai bažnyčia buvo pastatyta 13-ojo amžiaus vienuolyne San Pedro el Real dalį. Vienuolynas, kuris priklausė pranciškonų religinių bendruomenių būti gana arti laiku ir turėjo didelę įtaką religinio gyvenimo mieste. Tai žinoma, kad 17 amžiuje gyveno šimtą vienuolių, ir dauguma jos klestėjimo ir įtaką jis pasiekė 18 amžiuje. Tačiau 19 amžiaus pradžioje, per Napoleono karių anksto vienuolynas buvo sugriautas, o San Francisko bažnyčia stebuklingai išgyveno.

Iš pradžių sukurta gotikos stiliaus, šiandien iš San Francisko bažnyčia pastatas yra tik iš dalies panaši į pradinę struktūrą. Per 18 amžiaus pastatas buvo atstatytas kelis kartus, o jo fasadas yra daug elementų, baroko, iš esmės pasikeitė viduramžių išvaizdą bažnyčios.

Šiandien San Franciske Bažnyčia yra ne tik vienas seniausių, bet ir viena iš turtingiausių bažnyčių Kordoba. Jame yra sukaupta iš viduramžių laikotarpio kultūros vertybių turtus. Taip pat yra įdomi kolekcija tapybos menininkų 18 amžiuje Cordova. Jis nusipelno ypatingo dėmesio ir bauda antikvariniai baldai, įsikūręs šventyklos patalpose.