Matsumae pilis jau seniai klano Matsumae. Jis buvo pastatytas 1606 ir buvo vadinamas tvirtovė Fukuyama, kaip Matsumae klanas statuso nebuvo tinkamos pilies statybai. Dabar pavadinimas Matsumae yra mažas miestelis 90 km nuo Hakodate mieste, užaugo aplink pilies rūšies Matsumae.

Pirmasis atstovas genties Nobuhiro Takeda apsigyveno saloje viduryje XV amžiuje. Jam vadovaujant keli Japonijos, kuris gyveno saloje suvienytą kovojant su vietinių gyventojų - Ainų. Nobuhiro "Takeda, ypač slopinamas Ainų didelį sukilimą 1457, tada pavergė visų Samurajus klanai pietus nuo salos. Reikėtų pažymėti, kad ne visi kovotojų rūšies Matsumae prisijungę kurti santykius su krūminių tautų atstovų iš galios pozicijas. Taigi, ketvirtasis klano Kakidzaki Suehiro galėtų derėtis su taikos ir prekybos Ainu.

Laikykitės vietinių Daimyo Kakidzaki Yoshihiro 1599 metu Osakoje auditorijai pakeitė jo vardą, atsižvelgiant į jų šeimos turto vardą, ir nuo tada lenktynės vadinosi Matsumae. Praėjus penkeriems metams, šalies naujų karinių valdovas Tokugava Iejasu užsitikrino pradžių Matsumae nuosavybės saloje, ir net po metų, 1606 pastatė pilį Yoshihiro Matsumae. Yoshihiro įpėdinis 1616 tapo Matsumae Kinhiro kuris sunaikino po trejų metų nuo kranto netoli pilies visą samurajų ir stiprinti gyvenvietes ir jų gyventojai buvo priversti persikelti į pilies mieste.

Nariai genties Matsumae suvaidino svarbų vaidmenį saugant ir ginant šiaurinių sienų Japonijoje, taip pat į japonų plėtros saloje tęstinumą ir vietinių žmonių pavaldumą. Vis dėlto, Pilies dešinę jie įgyjamas tik viduryje XIX a.

Pilis pastatyta 1606, išliko. 1637 metais pilis sudegė, buvo atstatyta, tačiau sudegė vėl 1949 m. Dešimt metų jis vėl buvo atstatytas, bet forma ugniai (betonas). Palikus tik originalų Pagrindiniai vartai pilies istorijos ir kultūros paminklas.