Universitetas Zagrebe yra seniausia ne tik Kroatijos, bet ir Pietryčių Europoje. Jos oficialiai įkūrimo data laikoma 23 Rgs 1669, kai Romos imperatorius ir Vengrijos-horvatų karalius Leopoldas Aš išleido įstatymą, pripažįstantį privilegijomis ir statusas universitetų švietimo įstaigų buvusios jėzuitų akademijos, kurios veikė ant laisvos Royal City Zagrebo, buvęs sostinės Kroatijos ir Slavonijos Karalystės teritorijoje. Ši data yra gauta iš Zagrebo universiteto istorijos kovoje dėl teisių įgyvendinimo pradžia ir gauti garbingą vietą tarp autoritetingų ir atstovas universitetų ir akademijų Centrinėje Europoje.

Istorija Zagrebo universiteto modernaus forma prasideda iniciatyva dzhyakovskogo vyskupo ir matomoje globėjas Kroatijos Josip Juraj Strossmayer, kai jis 1861 metais pasiūlė surengti universitetą keturi fakultetai: Medicinos, teologinių, filosofinių ir teisinių. Šis pasiūlymas buvo laikomas kelerius metus, o 1874 metais Kroatijos Parlamentas priėmė iniciatyvą ir išleido dekretą "Dėl universitete." Tais pačiais metais universitetas pakeitė savo pavadinimą ir tapo žinoma kaip šiuolaikinio universiteto Zagrebe.

Nuo 1990 m universitetas gavo didesnę autonomiją, tuo pačiu metu prasidėjo prie Bolonijos proceso prisijungimą.