Bažnyčia Marijos Magdalietės įsikūręs Södermalm rajone. Bažnyčios datuojamas 1350-ojo metų, kai karalius Didžiojo Erikssonas su popiežiaus Klemenso VI patvirtinimo pastatyta koplyčia ir skirta, kad Marijai Magdalenai istorija. Išorinė išvaizda šių metų pastato blogai dokumentais, ir tik išlikęs miedzioryt vaizduoja koplyčią kaip mažas pastatas su dideliu bokštas, papildyta su smailu smailės.

Pasibaigus 1520s pradžioje išlaisvintas Gustav Vasa Stokholme, ir jo kariai, vadovaujami Peder Fredagom apsistojo koplyčioje, tačiau jie patyrė didelių nuostolių, kai Danijos kariuomenė krikščioniškojo II užpuolė juos iš miesto. Šis renginys gali būti viena iš pagrindinių priežasčių, kodėl Gustav Vasa sunaikinti visas bažnyčias, vienuolynus ir koplyčių, kurie supa miestą, po protestantizmo įvedimo 1527, įskaitant Marijos Magdalietės koplyčia. Tačiau jo sūnus, karalius Jonas III, pradėjo naują bažnyčią statyti koplyčios svetainėje 1588. Tačiau jo mirtis 1592 pertraukė vykstantį statybos darbus, ir bažnyčia liko nebaigtas, kol 1634 m.

Architektai Nikodemas Tessin Vyresnysis ir Tessin jaunesnysis perėmė tolesnį statybos ir pastatė baroko bažnyčia. The Spire ", kuri buvo laikoma gražiausia Stokholme, buvo sunaikinta per 1759 gaisrą, kuris taip pat sunaikino 300 kitų pastatų srityje. Carl Johan Cronstedt buvo pavesta atstatyti bažnyčią, o jo projektas buvo užbaigtas 1763 m. Ji išlieka daug originalaus dizaino. Restauravimas iš Marijos Magdalietės bažnyčia interjeras vyko 1927, tais pačiais metais ten buvo įsteigta pirmoji kūną, antras buvo įtraukta 1986 m.