Zoologijos sodas ir Gamtos muziejus Splitas buvo paaukoti į miestą, nes XX amžiaus pradžioje, keletą vertingų gamtinių kolekcijų. Profesorius Umberto Dzhirometta 1923 iškėlė į Gamtos istorijos muziejaus kūrimo klausimą. Miesto taryba Splitas paėmė klausimą apžvalga ir 1924 m įkūrė pirmąjį muziejų ir Dzhirometta tapo jos lyderis iki pat savo mirties 1939 m.

Per pirmuosius savo gyvavimo metus, muziejus buvo įsikūręs vienoje iš savivaldybių pastatų miesto centre. Greičiau erdvė buvo nepakankamai, ir muziejus perkeltas į vieną iš parko Marjan pastatuose. Kartu su muziejaus atidarė nedidelį zoologijos sodą, atstovaujanti keletą vietinių ir egzotinių gyvūnų rūšys. Pirmą buvusioje Jugoslavijoje akvariumas šalia muziejaus pastatas buvo pastatytas papildomos vietos. Keletą metų vėliau, Okeanariumas buvo uždaryta ir paversta nedideliu narve. Šiandien Splitas zoologijos sodas turi daugiau nei 300 gyvūnų rūšių.

Į parką Marjan apie 1991 karo pastatas buvo uždarytas dėl saugumo priežasčių. Tada muziejus persikėlė į tvirtovės niurzgėjimas, o po 1997 m grįžo į Marian. Po 2000 metais, ne iš darbuotojų prašymu muziejaus reikmėms buvo skirta naują erdvę, bendras plotas apie 1156 kvadratinių metrų, kurioje muziejus pradėjo dirbti 2002 m.

Prieš naujojo muziejaus direktorius atidarymas buvo reorganizuota muziejaus rinkinių ir pasakojo keletą naujų pozicijų (pvz kolekcija įdaryti gyvūnų ir paukščių, Geologijos ir paleontologijos, entomologijos departamentas, departamentas stuburinių ir bestuburių, ir kt.) Taip pat buvo atlikti darbą tvarkymo ir sisteminimą eksponatų, gamtoje centrinėje dalyje Dalmatija, daugybė parodos muziejuje ir už jos ribų. Be to, muziejaus darbuotojai dalyvavo daugelyje mokslinių konferencijų.

Pirmame aukšte muziejaus šeimininkai parodų įvairovė, ir kitų aukštų namas nuolatinę parodą. Kiekvienas gali įsigyti muziejines papildomos medžiagos apie muziejų ir vietos gamtos istorijos istorijos.