Japonų istorijoje buvo laikas, kai valdovai palankumo krikščionybės plitimo, ir laikotarpiai, kada Atvežtas iš užsienio doktrinos įrodė gėda, ir jo pasekėjai buvo persekiojami. XV ir XVI amžiais krikščionybė sparčiai plinta salyno salų, bet ne iš XVI amžiaus pabaigoje buvo uždrausta, ir Japonijos žmonės praktikuoja ją slapta. Gyventojai Nagasakis buvo priversti kasmet turi įrodyti, kad jie nėra krikščionys. Norėdami tai jie pasiūlė nepaisyti Jėzaus Kristaus ir Dievo Motinos, ir šio ritualo vaizdas padaryti, jie turėjo praeiti, kol viduryje XIX amžiuje. Apskritai, krikščionybė buvo uždrausta Japonijoje kiek pustrečių šimtmečius, per šį laiką buvo įvykdyta, kankino ar ištremti tūkstančiai žmonių išpažinti religiją.

5 Vas 1597 Nagasakis buvo viešai įvykdyta už misionierišką darbą 26 žmonių, tarp kurių 20 buvo japonų, keturi ispanai, taip pat Meksikos ir Indijos. Nutartimi tada valdančiam shogun Tojotomi Hidejoši suimtas krikščionys buvo kankinami, tada įdėti Nagasakis ir buvo nukryžiuotas ant kryžiaus pastatytas ant kalvos Nisidzaka. Po aukų vykdymas tapo kankiniais kaip šventieji skaityti ir atpažinti skirtingus žaidimus. Šimtas metų po to, kai 1962 m kanonizacijos ant kalvos atidarytas paminklas ir muziejus. Vasario 6 Katalikų bažnyčia Japonijoje švenčia savo atmintį.

Muziejuje yra svarbių istorinių dokumentų atnešė iš Europos, sudarytas iš Japonijos, meno kuriniai laikotarpį ankstyvosios krikščionybės Japonijoje. Parodų chronologiškai supažindinti lankytojus su ankstyvosios krikščionybės laikotarpiu, kartais persekiojimo krikščionių ir slaptų katalikų gyvenimo ir savęs išskyrimo valstybės laikotarpį.

Šiuo metu, krikščionybė yra trečioji iš pagrindinių religijų Japonijoje po budizmo ir šintoistinio. Tuo XXI amžiaus pradžioje buvo apie 2, 5 mln krikščionis, daugiausia katalikai.