Bažnyčia San Sebastijanas yra įsikūręs ant kalvos, netoli žuvų rinkoje, šiaurinėje senojo miesto Lagos. Nuo šios vietos atsiveria nuostabūs panoraminis vaizdas į marias. Bažnyčia yra laikoma viena iš seniausių ir gražiausių bažnyčių mieste.

Dar prieš bažnyčia buvo pastatyta šioje vietoje 1325 buvo Nekaltojo Prasidėjimo Švč Mergelės Marijos koplyčia. 1463 metais vyskupas João de Mello nuveikė, kad šioje vietoje buvo pastatyta bažnyčia. 1490, pagal užsakymą Portugalijos karalius, Don Joao II, mes vėl buvo atliekami rekonstrukcijos darbus, o bažnyčia buvo pratęstas. Po to, bažnyčia buvo pašventinta kaip San Sebastian bažnyčia (Šv Sebastian). Deja, kaip nutiko su daugeliu istorinių pastatų Portugalijoje, bažnyčia buvo beveik sunaikinta per Lisabonos žemės drebėjimas 1755 m. Bažnyčia buvo atstatyta, o du šimtmečius vėliau, bažnyčia vėl buvo sugriautas žemės drebėjimo, kuris įvyko 1969 m. Laikui bėgant, bažnyčia vėl buvo atstatytas.

Viduje trys navų, atskirtų tarmės stulpelius bažnyčią. Originali pagrindinis altorius bažnyčios datuojamas XVI a. Altorius susideda iš keturių plokščių. Manoma, kad šie skydai sukūrė vienas garsiausių menininkų Algarvėje XVI amžiuje Alvaro Dias. Bažnyčia saugomi senosios miesto planas. 1828, bažnyčia turi bokštą su varpeliu.

1924, San Sebastian bažnyčia buvo įvardintas kaip nacionalinės svarbos paminklas.