Statyba ir Ninna-ji vienuolyne prasidėjo 886 vieną imperatorius - Kёkё ir baigė dvejus metus po kitos pirmtako mirties - Uda. Po imperatoriaus Uda Abdykowanie jis buvo tonsured vienuoliu ir į kairę. Atsižvelgiant į tai, kad pensininkas imperatorius gyveno čia savo dienų poilsio, vienuolynas buvo neformalus pavadinimas "Old Imperial Palace Omura". Oficialus pavadinimas Ninna-ji verčia kaip "vienuolyno humaniškai harmoniją."

Nuo šventyklos pamatai, ir tol, kol antroji pusė XIX a abato vienuolyno tapo imperatorių, kurie paėmė vienuolių įžadus ne iš savo tėvų prašymu sūnus.

Vienuolynas paėmė bandymo tris kartus, gaisras: gaisras 1119 Teritorijoje neteko daugumos savo pastatų ir neramiais laikais Onin (1467-1477 metai) savo vietoje liko tik pelenai. Jis buvo atkurta tik XVII a, ir net tada ne visiškai. Tiesiog kaip didelis buvo nuosavybės vienuolynas, pagal maketus 88 piligrimystės šventyklos kadaise stovėjo jos teritorijoje, kurie nustatytų sode. 1887, dalis pastatų sudeginta Ninna-ji, bet restauracija prasidėjo tik po daugiau nei dviejų dešimtmečių.

Šiandien Ninna-ji yra pagrindinis vienuolyno Shingon budistų sekta, Omura ir Ukyo yra senosios Japonijos sostinės. Pagrindinis šventovė Ninna-ji - apie Amida Budos statula. Pagrindinis šventykla Ninna-ji vienuolyne yra UNESCO Pasaulio paveldo sąrašą, ir kai kurių pastatų ir įdomybes saugomais joje turi nacionalinio paveldo statusą Japonijoje - ypač Butas - pagrindinėje salėje šventykloje, medinis vaizdas Budos atvaizdą ant šilko dievybės Kudzyaku ir kt. Viduje šventyklos puošia unikalūs drobių ir kitų meno kūrinių.

Iš šventyklos komplekso plotas yra padalintas į keletą aukštos sienos. Pietvakarinėje tvenkinio ir yra paviljonai, kurie laikyti lobius ir senovės meno kūrinius. Į šiaurę yra pagrindinė salė Butas, penkių pakopų Pagoda ir "Vyšnių sodas", kur daugelį metų auginamos vyšnios veislės Omura, kad žydi po visiems. Bažnyčia yra Ikebana Omura mokykla.