Ben Ezra sinagogą architektūra nesiskiria nuo standartinės architektūros koptų bažnyčias. Tai atsitiko dėl to, kad pastatas iš pradžių buvo bažnyčia, bet tuo X amžiaus pabaigoje. Kalifas Hakim uždaryti bažnyčią. Be naujesniais laikais pastatas išpirktas žydų bendruomenės, kuri tuo metu buvo didelė dalis Egipto visuomenę. Sinagoga buvo pavadintas po rabinas Abraomo ben Ezra Jeruzalėje.

Įžymūs sinagoga, kad XIX amžiuje, per renovaciją, ten buvo rastas lobis dokumentų su tūkstančiais XI-XII a.
Neseniai atkurta sinagogą.