Į Herakliono centre, šalia Archeologijos muziejus yra Kretos mūšio muziejus. Muziejus buvo įkurtas Herakliono savivaldybės 1994 metais ir skirta Kretos gynybos ir populiarus atsparumo per Antrąjį pasaulinį karą. Muziejaus tikslas yra surinkti, saugoti ir demonstravimas istorinių relikvijų 1941-1945 tinkamai, taip pat dokumentus ir platinant informaciją apie žmonių kovą metu Kretos mūšio ir Vokietijos-Italijos okupacijos.

Muziejuje paroda pristato tūkstančius vienetų originalių fotografijų, paveikslų ir piešinių Kretos ir populiarus atsparumo, apie 200 knygų, monografijų mūšio, esė istorinius įvykius nuo 1941 iki 1945 m šimtus dokumentų ir laikraščių straipsnių. Muziejuje taip pat pristato dalykų, susijusių su karo įvairovė: ginklų, formos, įvairių aksesuarų, namų apyvokos daiktų ir daug daugiau.

Iš eksponatų urmu apima "mūšis Kretos" 1941 gegužės mėn. Ši kova yra viena iš Antrojo pasaulinio karo orlaiviuose istorijos didžiausių ir taip pat žinomas kaip "Mercury" operacijos. Pagrindinis tikslas Vokietijos užpuolikai buvo iš nuo Viduržemio jūros Karalystėje poslinkio ir strateginio valdymo sukūrimas per Viduržemio jūros baseine. Žmonių Liaudies milicijos organizatorius buvo britų archeologas, kuris dirbo britų žvalgyba, John Pendlebury. Nepaisant daugybės nuostolių, vokiečiai laimėjo mūšį.

Muziejus turi savo mokslinių tyrimų centrą, kur darbuotojai yra sutelktas į archyvinių medžiagų karo iš įvairių šalių (1940-1945) ir jų vertimo kolekciją. Muziejaus veikla siekiama pritraukti į jaunosios kartos dėmesį į Kretos žmonių istorijos ir iš naikinamosios galios karo sąmoningumą.