Holyrood Abatija (abatija Šventojo Kryžiaus) buvo įkurta 1128 m karaliaus Dovydo I ir Škotijoje priklausė augustiańskiego vienuolių. Abbey suvaidino svarbų vaidmenį ne tik religijos, bet ir politiniame gyvenime Škotijoje. Čia vyko iš bajorų ir aukštųjų dvasininkų susitikimai, ten buvo karūnuotas ir vedė Škotijos karalius. Karaliai dažnai sustojo vienuolyno, įsikūręs kelios minutės pėsčiomis nuo Edinburgo pilies, pirmenybę čia gyventi, o ne pilies, o ne iš XV amžiaus vienuolyno pabaigoje buvo tam tikrų Royal Apartments, o XVI amžiaus pradžioje, King James IV stato rūmus, šalia vienuolyno - Holyrood rūmai.

Viduryje XVI amžiuje britų kariai užfiksuoti abatija, jį sunaikino - pastatas prarado savo švino stogas buvo pašalintas varpas, iškovotas vertybes. Netrukus Škotijos Reformacija, o Abbey buvo beveik visiškai sunaikinta. 1686 King James VII įkūrė jėzuitų koledžą HOLYROOD, o po metų tapo katalikų vienuolynas. Bažnyčia buvo atstatyta ir joje buvo koplyčia senovės ir kilnus įsakymas Thistle, puošia raižyti kėdės riterių skaičių. Tačiau 1688 sukilėlių minia šturmavo bažnyčią griaunantį bažnyčią ir koplyčią ir išniekinant senovės karaliaus laidotuves. (Jo koplyčia atsirado ne iš Thistle ordino tik 1911 m Šv Giles Edinburge katedra.)

Prastas renovuotas stogas sugriuvo per uraganą 1768 metais ir nuo tada, The Abbey yra toje pačioje būklėje, kurioje mes galime pamatyti jį dabar - vaizdingomis griuvėsiai, įspūdinga lieka savo buvusios didybės. Per šiuos 250 metų mes jau ne kartą pasirodė projektus restauravimo ir atkūrimo Abbey, bet nė vienas iš jų nebuvo įgyvendinta.