Statant naują pastatą Santa Clara vienuolyno Coimbra buvo pradėta 1649 m. Senas vienuolynas, pastatytas XIII amžiaus pabaigoje, buvo sunaikinta, ir buvo nuspręsta statyti naują pastatą už Santa Clara ordino vienuoles.

Projektas sukūrė benediktinų vienuolis vienuolyno ir karališkosios architekto João Turriano, atsakingas už karališkosios architekto Mateus padaryti Couto statybos. Nauja statyba truko pakankamai ilgai. 1677 naujas pastatas vienuolyno, kuris tapo žinomas kaip Santa Clara-a-Nova vienuolynas, vairavo vienuoles. 1696 Bažnyčia buvo pašventinta.

Pagrindinis portalo vienuolyno bažnyčią puošia karaliaus herbas, kurį remia du angelai. Bažnyčios vidus yra baroko stiliaus. Bažnyčia viena nava, Transept trūksta. Šoniniai koplyčios ir pagrindinė koplyčia puošia 14 altarpieces XVII amžiuje į "Talya dorado" stilius - altarpieces įrėminti raižyti ir paauksuotas medienos. Be to, naujas vienuolynas buvo perkeltas kapą su palaikais karalienės Izabelės Portugalijos vienuolyno steigėjas. Po vyru, karaliaus Dinis mirties, karalienė buvo Coimbra vienuolyno Santa Clara iki jo mirties ir buvo palaidota. Todėl tarp vietinių gyventojų šis vienuolynas yra vadinamas Karalienės Isabella vienuolynas. Kapas su pelenais, pagaminti iš sidabro ir krištolo, įsikūręs šalia pagrindinio altoriaus bažnyčios. Prieš bažnyčią stovi paminklas karalienės Izabelės, skulptoriaus Antonio Teixeira Lopes XIX amžiuje.

1733 vienuolyne vienuolynų buvo pastatyta renesanso stiliumi. Šių galerijose už Vengrijos architekto Carlos Mardel statyba.