Vienuolynas buvo įkurtas apačioje Maura Dias 1280 už vienuolės klarissok. Vienuolynas truko neilgai, o 1311 jis nustojo egzistuoti. Be 1316 karaliaus Dinis I žmona karalienė Izabelė Portugalijos, atkurtos vienuolyną.

Karalienė Izabelė Portugalijos taip pat vadinama "Šventoji" Queen ", nes jos išskirtinę pamaldumo ir teisumu. Karalienė taip pat garsėja savo geru remiasi ligoninės, našlaičių ir mokyklose. Po vyru, karaliaus Dinis mirties, ji pasitraukė į vienuolyną. Ir 1336 karalienė mirė ir buvo palaidotas kape vienuolyno, dekoruoti gotikos stiliaus. 1626, karalienė Izabelė buvo kanonizuotas savo labdaros ir gerais darbais.

Pirmasis architektas vienuolyno buvo Domingos Domingues, žinomas už savo darbą apie nuo Oeiras vienuolyno galerijose. Jis tęsė šio architekto, kuris buvo žinomas už savo darbą galerijų katedra Lisabonoje Estevao Domingues darbą. 1330 šventyklos pašventinimas, o vėliau ir į pietinėje bažnyčios buvo pastatytas vienuolynas. Vienuolynas yra labai dažnai pateikiami pinigų aukas ir dovanas. Tuo XVI amžiaus pradžioje bažnyčia buvo dekoruota Sevilijos plytelėmis ir įrengtos naujos altorių.

Kadangi vienuolynas ir bažnyčia buvo pastatyta kairiajame krante upės Mondego, tada po metų pastatas buvo užtvindytas virš upių vandenyse bankams. Ir šimtmečius vienuolynas užtvindė daug kartų. Dėl dažnų potvynių vienuolyne buvo neįmanoma būti, ir karalius Jonas IV įsakė palikti pastatą ir pereiti į naują vienuolyną - vienuolynas Santa Clara-a-Nova, pastatytas ant kalvos netoli nuo senojo pastato. Kapas su palaikais karalienės Izabelės ir kitų karališkųjų asmenų buvo perkelti į naująjį pastatą.

Laikui bėgant, senas vienuolynas griuvėsiai. 1910 metais pastatas buvo nurodytas kaip nacionalinės svarbos paminklas, o kai rekonstrukcijos darbai buvo atlikti pirmąjį pusmetį XX amžiuje.