Šv Mikalojaus yra įsikūręs istoriniame ketvirtį, kurį tenka Šv Nikolajus vardą, ir tai yra seniausia bažnyčia pastatas Berlyne. Jo statyba datuojamas metus 1220-1230, tuo metu, kai bažnyčia buvo įsikūrusi netoli Šprė upės su žemės prekybos kelio sankirtos ir turėjo tris aisled kryžminis bazilikos natūra.

13 amžiuje, atsižvelgiant į restruktūrizavimo žinoma, jis tapo mezgimo gotikos bažnyčia. 15 amžiuje atsirado aukurą užsakė iš kepėjų gildija Berlyne. Tai turtingi klasės moka nuomą bažnyčios tarnui, kuris yra labai didelė finansinė parama. Bažnyčios išvaizda išliko nepakitęs iki 19-ojo amžiaus pabaigoje.

Majoras rekonstrukcija bažnyčios buvo atliktas per dvejus metus ir buvo baigtas 1878 (valdymo darbą atlieka Hermann Blankenstein). Per bažnyčios buvo perstatytas neo-gotikos stiliaus fasado rekonstrukcijos, jis turėjo antrą bokštą, simetriškas dabartinę.

Nuo 1938 m bažnyčia nuosavybės teise priklauso valstybei, o kai kurie meno kūriniai buvo perkelta į Marienkirche, kur jie yra laikomi iki šios dienos. Nuo tada, Bažnyčia paslaugos buvo nutrauktas.

Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia buvo smarkiai apgadinta, tačiau išorinių sienų pastatų stovėjo. Restauravimo buvo atliekami pagal senąsias planus ir brėžinius nuo 1981 m. Per šį laikotarpį, bažnyčia bokštas Šv Nikolajus įkurta varpeliais kariljonas, kurį sudaro 41 varpai.

Šiandien Bažnyčia yra nuolatinis muziejaus paroda - Brandenburgas filialas muziejaus pasakoja apie bažnyčios ir susijusių istorinių asmenybių istorijos. Čia galite pamatyti krikštykloje pagamintas iš bronzos, pažintys nuo 1398 metų, aukurą ir baroko stiliaus sakykla. Interjerai pasižymi puikios akustikos, todėl naudojamas kaip koncertų salėje vargonų muzikos (bažnyčioje yra trys operacinės institucija).